Byron Houston va arribar al Joventut en el mes d'agost de 1999 amb un contracte de dos mesos. Malgrat una difícil adaptació degut a problemes personals ràpidament es va convertir en el segon jugador de l'equip en valoració, per darrera de Ferran Martínez, i va renovar fins a final de temporada. No obstant, els ja esmentats problemes d'adaptació, tant d'ell com de la família, el van fer rescindir el seu contracte de manera unilateral a començaments del mes de desembre.

Amb la selecció dels Estats Units va guanyar la medalla de plata als Jocs Panamericans celebrats a Winnipeg l'any 1999.